提出以下措施进行祁连山水源涵养林区的生态环境保护和综合治理建设:通过冰川环境保护、森林、草原和湿地恢复重建，减少人类活动的影响，增强祁连山生态系统的稳定性；完善和稳定规划区保护体系，提升生态保护和监管能力，通过保护管理能力和科技支撑体系建设，培养和提高公众保护意识；实施人口分流安置、农牧民生产生活设施建设、农牧业生态经济调整优化等配套工程,祁连山生态环境出现了冰川退缩、储量减少、雪线上升等生态问题。
1、 祁连山环境的历史遗留问题祁连山生态环境出现了冰川退缩、储量减少、雪线上升等生态问题。其原因包括以下几个方面:气温和降水的变化直接影响内陆河流的出山径流和冰川积雪的变化；人口持续增加，人为干扰加大，对生态环境造成了巨大压力；粗放的资源开发方式和落后的管理方式加剧了生态退化；体制不顺，权属不清，导致保护与发展矛盾突出；监测管理体系不完善，影响了生态建设的现实指导作用；资金短缺不能满足生态综合治理的需要，提出以下措施进行祁连山水源涵养林区的生态环境保护和综合治理建设:通过冰川环境保护、森林、草原和湿地恢复重建，减少人类活动的影响，增强祁连山生态系统的稳定性；完善和稳定规划区保护体系，提升生态保护和监管能力，通过保护管理能力和科技支撑体系建设，培养和提高公众保护意识；实施人口分流安置、农牧民生产生活设施建设、农牧业生态经济调整优化等配套工程。
